Gem Storm funziona su un motore a cascata basato sulla fisica dove le gemme abbinate attivano meccaniche di collasso gravitazionale. Quando allinei tre o più gemme identiche, il sistema calcola il potenziale di reazione a catena su una griglia matriciale 8x8, generando moltiplicatori di combo che aumentano esponenzialmente con ogni abbinamento successivo entro una finestra di 3 secondi.
Il sistema di sintesi dei power-up integra cinque tipi distinti di gemme: Rubino, Zaffiro, Smeraldo, Ametista e Topazio, ciascuno con pattern di detonazione unici. Abbinare quattro gemme crea gemme esplosive direzionali che cancellano intere righe o colonne, mentre abbinamenti di cinque gemme sintetizzano Gemme Arcobaleno capaci di eliminare tutte le istanze di un tipo di gemma selezionato sull'intera tavola.
I giocatori avanzati sfruttano la meccanica di conservazione della combo dove gli abbinamenti a cascata estendono il timer della combo attiva, consentendo ai giocatori esperti di mantenere moltiplicatori da 10x a 15x su più turni. L'algoritmo di punteggio privilegia gli abbinamenti strategici rispetto agli allineamenti casuali, premiando la manipolazione deliberata della tavola con iniezioni di punti bonus e soglie di valutazione a stelle che sbloccano cancelli di progressione attraverso oltre 200 scenari puzzle realizzati a mano.